Si tratta dell'inchiesta aperta dalla procura di Caltanissetta sui cosiddetti mandanti esterni della strage di via d'Amelio in cui Subranni è indagato per concorso in associazione mafiosa. Quando i pm di Palermo gli hanno comunicato che l'avrebbero ascoltato, appunto, come indagato di procedimento connesso, il generale ha scelto di non rispondere. I magistrati avrebbero voluto sentire Subranni perchè era alla guida del Raggruppamento operativo speciale nel periodo degli attentati mafiosi del 92, quando, secondo la Procura, l'allora colonnello Mario Mori, numero due del Ros e vice del generale, avrebbe avviato i contatti con Vito Ciancimino e Bernardo Provenzano per raggiungere un accordo finalizzato a far cessare la strategia stragista di Cosa nostra. Subranni, ora in pensione, è stato indagato - ma la sua posizione è stata archiviata - anche nel procedimento sul mancato blitz di Mezzojuso, che avrebbe dovuto portare alla cattura di Provenzano, in cui è ora imputato Mori.