L'inchiesta, condotta dai pm Nino Di Matteo, Paolo Guido e Lia Sava, ipotizza l'esistenza di una trattativa tra Stato e mafia che negli anni avrebbe visto alternarsi diversi protagonisti istituzionali, politici e mafiosi.Nell'indagine sono coinvolti, oltre ai boss Totò Riina, Bernardo Provenzano e Antonino Cinà, il generale dei carabinieri Mario Mori, il suo ex braccio destro al Ros, Giuseppe De Donno, Angelo Angeli, un ufficiale dei carabinieri che, pur avendo messo le mani sul 'papello' durante la perquisizione della cassaforte nella casa di Massimo Ciancimino non l'avrebbe sequestrato, alcuni esponenti dei Servizi e lo stesso Ciancimino jr.
A tirare per primo in ballo Dell'Utri nell'indagine sulla trattativa è proprio il figlio di Vito Ciancimino, l'ex sindaco mafioso di Palermo. E' lui a raccontare al processo al generale Mori, imputato di favoreggiamento mafioso, di avere saputo dal padre di stretti rapporti tra il senatore e Provenzano. Don Vito avrebbe riferito al figlio anche che sarebbe stato proprio Dell'Utri, con l'avallo del boss di Corleone, a sostituirlo nella conduzione della trattativa che, fino al '92 sarebbe stata portata avanti da Ciancimino e dai carabinieri.
A fare il nome di dell'Utri ai pm è anche il pentito Stefano Lo Verso che ha sostenuto di aver saputo da Provenzano che, dopo le stragi del '92 e del '93, Dell'Utri, ex manager di Publitalia tra i fondatori di Forza Italia, si sarebbe offerto come garante politico degli interessi di Cosa nostra. Dall'altra parte del tavolo ancora Provenzano che, in nome dell'accordo stretto, avrebbe assicurato il sostegno elettorale dei boss al partito dell'ex premier Silvio Berlusconi.
E anche le dichiarazioni del collaboratore di giustizia Gaspare Spatuzza, a cui il boss Giuseppe Graviano avrebbe detto che "grazie al paesano (Dell'Utri, ndr) e a Berlusconi la mafia aveva il Paese nelle mani", sarebbero finite nell'inchiesta sulla trattativa condotta dai pm di Palermo.