L'inchiesta vede Monsignor Miccichè come parte offesa e la Chiesa trapanese vittima di raggiri che, se accertati, avrebbero portato all’accaparramento di più di 100.000 euro sottratti alle casse della chiesa trapanese. Indagate sono 11 persone, con le accuse più diverse: frode informatica, ricettazione, falso ideologico, calunnia, diffamazione. Al centro delle indagini la distrazione di somme depositate nei conti correnti della diocesi, e la vendita fittizia di beni della chiesa ad Alcamo e Calatafimi. Uno di questi immobili è per esempio una piccola canonica di una chiesa ad Alcamo. Una modesta palazzina a due piani, che è stata ceduta per 25.000 euro senza che - pare - il Vescovo non ne sapesse niente. E' per questo che la palazzina è stata sequestrata. Proprio Alcamo è la città d'origine di molti indagati. Top secret i loro nomi, anche se è certo, secondo più fonti giornalistiche, quello di Ninni Treppiedi, ex Direttore amministrativo della Diocesi, considerato l'artefice della vicenda, e difeso dall'avvocato trapanese Vito Galluffo, che non vuole rilasciare alcuna dichiarazione in nome e per conto del suo assistito. Con lui ci sono anche alcuni suoi familiari. Le loro abitazioni sono state sottoposte a perquisizione. E indagini ci sarebbero state anche a Palermo e Paceco, alla ricerca di altri documenti utili all'indagine, che parte dalla vicenda della fusione delle due fondazioni della Diocesi, Auxilium e Campanile.
Il giornalista Gianfranco Criscenti, direttore del periodico alcamese «L’Isola» che aveva pubblicato alcuni servizi su presunti ammanchi (un milione di euro) delle Fondazioni della Diocesi di Trapani, ma per i quali dalle indagini della Finanza non è scaturita alcuna inchiesta, ha dichiarato «di non aver ricevuto alcun avviso di garanzia, nonostante vengo dipinto da alcuni giornali come facente parte di una macchina del fango composta da un gruppo di complottisti. Ho dato mandato ai miei legali di tutelare la mia immagine».
Scrive Criscenti su Facebook: " 'L'Isola' sta valutando, assieme ai legali, le azioni da intraprendere a tutela della propria immagine. Purtroppo saremo costretti ad agire anche ( e non solo) nei confronti di giornalisti (della carta stampata e di siti internet) che si sono improvvisati pretori d'assalto e che hanno già emesso sentenza, probabilmente imbeccati da chi - rimasto senza un giornale su cui scrivere - si diletta ad accostarci ad una cricca che, evidentemente, conosce bene perchè ne fa (occultamente) parte".